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为什么新冠肺炎的“亲子鉴定”很重要,因为基因测序和追踪的重复需求?

发布时间:2024-09-19 人气:9926

1月6日,广东省深圳市爆发疫情。凌晨5点,深圳市疾控中心新冠肺炎溯源团队启动病毒测序工作,仅用16个小时就敲定了病毒来源,确定为Darta变异体。2月13日,江苏苏州发现8例新冠肺炎阳性感染者。市疾控中心迅速对病毒基因进行测序,24小时内,病毒被鉴定为奥米克隆变异体。自3月份山东青岛暴发疫情以来,市疾控中心基因测序团队夜以继日地与病毒赛跑,病毒基因测序结果可在24小时内得出。……

近日来,我国疫情反复波动,累计确诊病例超过300万。每次发现个病例,抗疫计划的部署都会涉及一项至关重要的任务——对新冠肺炎基因进行测序和追踪。

据了解,新冠肺炎对基因测序的要求是72小时。得益于我国疫情以来对溯源工作的重视和建设,以及各疾控中心对人员培训和流程的优化,目前基本可以在24小时内完成病毒的溯源,为每个城市的抗疫战争赢得了宝贵的时间,对及时研判疫情、采取有效防控措施具有重要的指导意义。

为什么追踪病毒的来源如此重要?

在新冠肺炎疫情防控中,对病毒基因进行测序、鉴定其基因型、溯源和流行病学调查,对开展疫情防控工作具有重要意义。

在现行的动态清除政策下,确定一个病例中的病毒基因组序列,对于确定病毒在社区中传播的分子传播链和可能的世代具有重要意义。特别是对于奥米克隆株,具有保密性更强、传播速度更快的特点,导致虽然发现了少数阳性患者,但传播范围往往已经扩散到一定区域。因此,各地区在检测到首例病例后,应准确、快速地追踪病毒,其作用是确定病例的来源和传播链。如果不同病例之间检测到的序列存在2-3个碱基的差异,很可能是病毒已经在该地区传播了一段时间,因此应该进行更有针对性的防控策略。

当防控工作由应急向常态化转变时,病毒基因测序和溯源的主要作用是及时发现新的变异毒株,根据病毒序列评估其感染和流行特征。目前,已有30个省份和新疆生产建设兵团完成了新冠肺炎全基因组测序平台建设,为及时发现新的病毒变异提供了重要的技术平台。

自疫情爆发以来,中国疾病预防控制中心一直通过GISAID与国际社会分享在当地收集的新型冠状病毒基因组序列。目前,GISAID平台上已经收集了超过1020万组来自全球172个和地区的新型冠状病毒基因序列,可见病毒基因测序在中国乃至全球疫情防控中的重要性。

病毒突变催化基因的测序和追踪要求

如上所述,目前国内的疫情主要是由奥米克隆病毒株引起的,它给全球新冠肺炎疫情的轨迹带来了重大变化和负面影响,但病毒的变异步伐并没有就此停止。随着我国感染病例的不断增加,病毒变异的速度也在加快。2022年中国检测到的病毒序列数量已经是2021年的数倍。

根据全球新冠肺炎预测系统,奥米克隆引起的全球疫情将持续到明年11月。目前,奥米克隆的亚变异体BA.2在新冠肺炎占据主导地位(占所有基因序列的94%),但奥米克隆的突变仍在继续。今年1月,新发现的XE菌株是Omicron的BA.1和BA.2的组合,其传播能力已被确认再次增强(43%)。同年4月,世卫组织甚至将奥米克隆的新后代变异体BA.4和BA.5列入监测名单。病毒基因的连续测序和追踪有助于病毒变异体的表征和监测,是防控措施的重要手段之一。

此外,截至2022年6月7日,新冠肺炎确诊病例超过291万例,是2021年总病例的近191倍。结合奥米克隆毒株引发的多次疫情以及学者对其未来发展的预测,防疫工作中对病毒测序和溯源的需求将是持久而巨大的。

美格生物

超灵敏新冠肺炎全基因组靶向扩增试剂盒

美格生物一直在密切关注疫情。疫情以来,推出了超灵敏新冠肺炎基因靶向扩增试剂盒,产品质量优良稳定,得到了多家疾控机构的广泛认可。

产品原理

根据病毒基因组序列,设计多个PCR扩增引物,用随机引物和oligodT反转录病毒正链RNA,然后用多个引物靶向扩增新冠肺炎全基因组。只需要少量的RNA就可以扩增出新冠肺炎的全基因序列,可以与二代测序平台和三代测序平台完美对接。结合IPH-纳米测序分析软件,可以方便地获得新冠肺炎的基因组序列和突变位点信息。

产品优势

无需病毒分离,少量RNA样本,逆转录一步扩增多重PCR靶向测序,1200bp引物,新冠肺炎突变体全面覆盖Illumina、Nanopore等二代、三代测序平台,与产品功能完美兼容。

根据序列设计诊断试剂盒,分析病毒同源性并追踪病毒序列突变,追踪特定药物或疫苗的研发,考察产品性能,比较测试效率。

对比29对引物的扩增结果,每对引物都有对应的测序读数,更高读数为计算不同扩增片段对应的测序读数;接近的百分比意味着引物对的扩增效率是相似的,这意味着最少的数据量或更少的测序时间可以获得更高的覆盖率。红框表示一些Artic引物(版本3)在S区段的覆盖率低或不能成功扩增;ABC引物(美格生物)可覆盖新冠肺炎全基因组,确保检测效率。更多产品,帮助病毒测序

关于梅格生物学

美格生物成立于2012年,致力于分子原料酶的创新开发和产业化生产。

团队由企业中组部批高水平教授组建,成员包括多名副教授、博士后,以及原料酶、IVD等领域的人才。

企业拥有2100平方米的R&D和生产基地,可满足从原料酶生产、试剂盒生产、质控检测、成品包装等制剂全流程。主要蛋白原料的周生产能力可达百万人。

公开招募合作伙伴,欢迎咨询!

电话:020-34438810

电子邮件:market@magigen.com

网址:

项目负责人:曾先生

1月6日,广东省深圳市爆发疫情。凌晨5点,深圳市疾控中心新冠肺炎溯源团队启动病毒测序工作,仅用16个小时就敲定了病毒来源,确定为Darta变异体。2月13日,江苏苏州发现8例新冠肺炎阳性感染者。市疾控中心迅速对病毒基因进行测序,24小时内,病毒被鉴定为奥米克隆变异体。自3月份山东青岛暴发疫情以来,市疾控中心基因测序团队夜以继日地与病毒赛跑,病毒基因测序结果可在24小时内得出。……

近日来,我国疫情反复波动,累计确诊病例超过300万。每次发现个病例,抗疫计划的部署都会涉及一项至关重要的任务——对新冠肺炎基因进行测序和追踪。

据了解,新冠肺炎对基因测序的要求是72小时。得益于我国疫情以来对溯源工作的重视和建设,以及各疾控中心对人员培训和流程的优化,目前基本可以在24小时内完成病毒的溯源,为每个城市的抗疫战争赢得了宝贵的时间,对及时研判疫情、采取有效防控措施具有重要的指导意义。

为什么追踪病毒的来源如此重要?

在新冠肺炎疫情防控中,对病毒基因进行测序、鉴定其基因型、溯源和流行病学调查,对开展疫情防控工作具有重要意义。

在现行的动态清除政策下,确定一个病例中的病毒基因组序列,对于确定病毒在社区中传播的分子传播链和可能的世代具有重要意义。特别是对于奥米克隆株,具有保密性更强、传播速度更快的特点,导致虽然发现了少数阳性患者,但传播范围往往已经扩散到一定区域。因此,各地区在检测到首例病例后,应准确、快速地追踪病毒,其作用是确定病例的来源和传播链。如果不同病例之间检测到的序列存在2-3个碱基的差异,很可能是病毒已经在该地区传播了一段时间,因此应该进行更有针对性的防控策略。

当防控工作由应急向常态化转变时,病毒基因测序和溯源的主要作用是及时发现新的变异毒株,根据病毒序列评估其感染和流行特征。目前,已有30个省份和新疆生产建设兵团完成了新冠肺炎全基因组测序平台建设,为及时发现新的病毒变异提供了重要的技术平台。

自疫情爆发以来,中国疾病预防控制中心一直通过GISAID与国际社会分享在当地收集的新型冠状病毒基因组序列。目前,GISAID平台上已经收集了超过1020万组来自全球172个和地区的新型冠状病毒基因序列,可见病毒基因测序在中国乃至全球疫情防控中的重要性。

病毒突变催化基因的测序和追踪要求

如上所述,目前国内的疫情主要是由奥米克隆病毒株引起的,它给全球新冠肺炎疫情的轨迹带来了重大变化和负面影响,但病毒的变异步伐并没有就此停止。随着我国感染病例的不断增加,病毒变异的速度也在加快。2022年中国检测到的病毒序列数量已经是2021年的数倍。

根据全球新冠肺炎预测系统,奥米克隆引起的全球疫情将持续到明年11月。目前,奥米克隆的亚变异体BA.2在新冠肺炎占据主导地位(占所有基因序列的94%),但奥米克隆的突变仍在继续。今年1月,新发现的XE菌株是Omicron的BA.1和BA.2的组合,其传播能力已被确认再次增强(43%)。同年4月,世卫组织甚至将奥米克隆的新后代变异体BA.4和BA.5列入监测名单。病毒基因的连续测序和追踪有助于病毒变异体的表征和监测,是防控措施的重要手段之一。

此外,截至2022年6月7日,新冠肺炎确诊病例超过291万例,是2021年总病例的近191倍。结合奥米克隆毒株引发的多次疫情以及学者对其未来发展的预测,防疫工作中对病毒测序和溯源的需求将是持久而巨大的。

美格生物

超灵敏新冠肺炎全基因组靶向扩增试剂盒

美格生物一直在密切关注疫情。疫情以来,推出了超灵敏新冠肺炎基因靶向扩增试剂盒,产品质量优良稳定,得到了多家疾控机构的广泛认可。

产品原理

根据病毒基因组序列,设计多个PCR扩增引物,用随机引物和oligodT反转录病毒正链RNA,然后用多个引物靶向扩增新冠肺炎全基因组。只需要少量的RNA就可以扩增出新冠肺炎的全基因序列,可以与二代测序平台和三代测序平台完美对接。结合IPH-纳米测序分析软件,可以方便地获得新冠肺炎的基因组序列和突变位点信息。

产品优势

无需病毒分离,少量RNA样本,逆转录一步扩增多重PCR靶向测序,1200bp引物,新冠肺炎突变体全面覆盖Illumina、Nanopore等二代、三代测序平台,与产品功能完美兼容。

根据序列设计诊断试剂盒,分析病毒同源性并追踪病毒序列突变,追踪特定药物或疫苗的研发,考察产品性能,比较测试效率。

对比29对引物的扩增结果,每对引物都有对应的测序读数,更高读数为计算不同扩增片段对应的测序读数;接近的百分比意味着引物对的扩增效率是相似的,这意味着最少的数据量或更少的测序时间可以获得更高的覆盖率。红框表示一些Artic引物(版本3)在S区段的覆盖率低或不能成功扩增;ABC引物(美格生物)可覆盖新冠肺炎全基因组,确保检测效率。更多产品,帮助病毒测序

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美格生物成立于2012年,致力于分子原料酶的创新开发和产业化生产。

团队由企业中组部批高水平教授组建,成员包括多名副教授、博士后,以及原料酶、IVD等领域的人才。

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